Общий сюжет:
Война закончилась…Наруто и Би смогли победить Тоби. Человек без лица решил, что они уйдут вместе с ним и попытался забрать их с помощью печати, которую создал. Но чакра биджу спасла обоих джинчурики и, таким образом, война завершилась. Когда Эдо Тенсей был разрушен Итачи, не все души отказались уходить на покой. А конкретнее – Учиха Мадара и сам Итачи. Старейший Учиха не захотел вновь исчезать из этого мира и пожертвовал большой частью своей силы, дабы остаться в этом мире. Душа Итачи отказалась умирать потому, что Саске мог уничтожить Коноху, да и Мадару он чувствовал слишком сильно. Много людей погибло. Погибло для того, чтобы будущее поколение смогло жить в мире. Деревни начали понемногу восстанавливаться, возвращаться к своей былой красоте. Шиноби быстро стали ходить парочками, а вскоре у них появились дети… Время шло…

Сюжетная линия клана Учиха.

Саске:
Саске вернулся в Ото, где жил когда-то давно. Там у них закрутился роман с Карин и она родила ему детей. Учиха ни на секунду не откладывал план мести, а лишь продолжал наращивать свою мощь…

Итачи:
Итачи вернулся в Коноху и создал семью. Он стал личным телохранителем нового хокаге, Хатаке Какаши.  Хатаке долго упирался, но затем понял, что Наруто нужно еще многому научиться и с гордостью принял этот пост. Однако основной деятельностью Итачи стала работа в Б.С.И.Д. – Бюро создания и исследования дзюцу, которое стало заменой корню. Он готовил деревню к войне с Саске…

Мадара:
Старейший Учиха долго бродил по миру, пока не наткнулся на укрытие Тоби, где было спрятано множество разных секретов. Надев его маску, Мадара стал в тайне ото всех готовить возмездие…